Penelitian ini bertujuan untuk mengetahui karakteristik tanaman manggis berdasarkan cirri morfologi dan anatomi daun. Penelitian dilaksanakan di KabupatenMorowali Utara.Pengamatan dilaksanakan di Desa Olomukunde, Taliwan danTomata. Pengamatanan anatomi dilakukan di Laboratoroium Ilmu dan Teknologi Benih serta Laboratorium Hama dan Penyakit Tanaman, Fakultas Pertanian Universitas Tadulako. Penelitian dilaksanakan Bulan Desember hingga Februari 2016. Hasil penelitian menunjukkan karakter morfologi dan anatomi yang diamati berdasarkan analisis cluster yang digambarkan dalam bentuk dendrogram. Hasil analisis kluster dari tiga desa menghasilkan satu hingga empat aksesi yang dapat dijadikan sebagai langkah awal ditemukannya pohon induk manggis bermutu. Hasil analisis kluster Kabupaten Morowali Utara pada jarak 0.7 terdapat empat kelompok pohon yang terdiri dari aksesi KA6, KA10, TA10, dan PA2. Indeks stomata paling rendah dari tiga desa yang diteliti terdapat pada aksesi KA7 dan indeks stomata tertinggi pada aksesi PA9. Kerapatan stomata tertinggi terdapat pada aksesi PA4 dan terendah pada aksesi TA6.