Penelitian ini bertujuan untuk mengetahui karakteristik tanaman mangga berdasarkan cirri morfologi dan anatomi daun tanaman mangga di Desa Ipi dan Bahomohoni Kecamatan Bungku Tengah Kabupaten Morowali. Pengamatan cirri morfologi dilaksanakan di Desa Ipi dan Bahomohoni, sedangkan pengamatan anatomi dilakukan di Laboratorium Bioteknologi Fakultas Matematika dan Ilmu Pengetahuan Alam Universitas Tadulako, mulai bulan Juni sampai Agustus 2016. Parameter morfologi yang diamati meliputi umur tanaman, tinggi tanaman, diameter batang, diameter kanopi, bentuk kanopi dan warna batang. Peubahan anatomi daun terdiri atas ukuran stomata, ukuran epidermis, kerapatan stomata dan indeks stomata.Selanjutnya hasil penelitian menunjukkan karakter morfologi dan anatomi yang diamati berdasarkan analisis kluster yang digambarkan dalam bentuk dendogram. Hasil analisis kluster kedua desa pada jarak 0,7 menghasilkan lima aksesi yaitu BI14, IP13, IP1, IP9 dan BI1. Indeks stomata paling tinggi dari kedua desa adalah aksesi IP7 dan yang paling rendah adalah aksesi BI14, sedangkan aksesi yang memiliki kerapatan stomata/mm2paling tinggi adalah aksesi IP13 dan yang paling rendah adalah aksesi IP9. Hal ini sebagai langkah awal ditemukannya sumber benih mangga yang bermutu.